新冠病毒核酸检测是早发现、早诊断、早隔离的关键措施。今年以来，盟卫生健康委坚持把核酸检测能力建设作为疫情防控的重中之重，精准发力，综合施策，全力提升各级医疗卫生机构核酸检测能力，为落实“四早”措施，确保打赢疫情防控人民战争夯实坚实的基础。
一是加强旗区核酸检测实验室建设，提升基础性核酸检测能力。在巩固新冠肺炎救治定点医院、二级以上综合医院和各级疾控机构核酸检测能力的同时，推进旗区其他医院核酸检测实验室建设，阿左旗吉兰太医院、阿右旗蒙医医院、额济纳旗蒙医医院核酸检测实验室相继建成投用，现全盟各旗区医疗机构、疾控机构全部具备核酸检测能力。
二是加强移动方舱实验室建设，提升核酸检测机动力量。结合各旗区人口、医疗卫生资源布局和地理交通等因素，按照平战结合、填平补齐原则，大力推进阿左旗、额济纳旗、阿拉善高新区、策克口岸开发区和孪井滩示范区各采购一套移动方舱实验室，确保各旗区全部具备24小时内完成一轮全员核酸检测的能力。
三是依托盟中心医院加强城市检测基地建设。积极筹措资金，支持推进中心医院采购一套配备有12台核酸检测仪的方舱实验室，具备单日一万管的检测能力。
截至目前，全盟共有核酸检测机构16家（盟本级3家、阿左旗4家、阿右旗3家、额济纳旗3家、阿拉善高新区1家、策克口岸开发区1家、孪井滩示范区1家），各类核酸检测仪80台，单检日最大检测能力可达42520管，混检日最大检测能力可达41万人份。